Esta es una pregunta muy frecuente que yo considero depende mucho del uso que le damos al ajax, y esto esta ligado a la accesibilidad porque no es lo mismo poner un javascript que invoca todo que un pequeño script para darle algo de animación a nuestro sitio.

Hay tal variedad de scripts que no podría decir tal afecta y tal no pero voy a hablar de los scripts más comunes y de ahí un método para testear el resto.

Acordeón

Me refiero a estos script que ocultan parte del texto y la muestran al darle click a un botón, los spiders de los buscadores ven la página sin CSS ni javascript así que verán el texto completo que sólo esta oculto en un div con overflow hidden, por lo que no afecta el SEO.

Galerías AJAX estilo slideshow

Usualmente estas galerías funcionan con un link como este:

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<a href="miimagen.jpg" rel="lightbox[]"><img src="thumb.jpg"></a>

Mi sugerencia allí ya sea que usemos o no AJAX es agregar a la imágenes el atributo ALT que es el que usan los buscadores

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<a href="miimagen.jpg" rel="lightbox[]"><img src="thumb.jpg" alt="descripcion de mi imagen"></a>

Tabs o pestañas

En este caso habría que hacer un distingo entre aquellas que ocultan el texto y lo muestran según la pestaña seleccionada y aquellas que invocan el contenido dinámicamente. Las segundas no serán enlazadas por los buscadores y las primeras serán enlazadas como parte del texto de toda la página aunque sería muy interesante si pudiera enlazarse el área concreta.

Invocar contenidos sin recargar la página

Este es un truco muy popular que yo recomiendo usarlo únicamente para envío de formularios o para mostrar mensajes de advertencia.
Habría que hacer el distingo, no es lo mismo usar este link:

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<a href="#" onclick="javascript:carga(1);">

Ese nunca será enlazado pero este otro si:

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<a href="mipagina.html" onclick="javascript:carga(1); return false;">

Debemos tener presente que aunque las páginas invocadas con el segundo link son indexadas no podemos tener control sobre sus metatags ni el título así que los buscadores las indexarán como vean por conveniente.

¿Cómo se si mi página AJAX será indexada?

La mejor forma de comprobar esto es deshabilitar por completo el CSS y el javascript y empezemos a navegar en nuestro sitio si podemos ver todas las secciones y acceder a nuestros links significa que estamos trabajando bien si por el contrario acabamos viendo un texto informe imposible de navegar entonces tenemos un largo trabajo por hacer.